Cet ouvrage est le fruit d’un remarquable travail d’analyse de
près de 206 000 captures d’oiseaux entre 2002 et 2019, rédigé en
partenariat avec Nantes-Saint-Nazaire Port. Il révèle le fonctionnement de la
roselière en tant que halte migratoire indispensable à la survie de nombreuses
espèces inféodées à cette végétation si particulière.
Différents paramètres sont étudiés : diversité spécifique,
abondance, phénologie globale de migration, âge-ratio, durée de séjour et taux
d’engraissement, connectivité nationale et internationale de la station de
Donges-Est, zoom sur 12 espèces paludicoles, bilan et perspectives.
Plus d’une année d’analyses et de concertation ont
permis de lever le voile sur l’évolution et l’état de conservation des espèces
capturées sur ce site exceptionnel. Le maintien de l’effort soutenu dans les
suivis scientifiques ainsi que son emplacement stratégique sur l’axe de
migration Manche-Atlantique confèrent à la station de baguage Acro’pôle un rôle
primordial de veille écologique sur ces espèces, à l’avenir incertain face au
changement climatique.
Pour les oiseaux en migration, l'enjeu est de bien répartir leur temps entre le vol et les périodes de halte migratoire. Ces étapes sur le chemin vers leurs zones d'hivernage sont obligatoires pour restaurer les réserves énergétiques utilisées pendant les vols sur de longues distances, au-dessus de zones inconnues voire inhospitalières. Elles sont aussi nécessaires pour le repos et la récupération physique. Les suivis réguliers de sites de halte migratoire par baguage (cf. protocole SEJOUR) ont pour but de documenter cette écologie de la halte migratoire. Sébastien Roques en a fait l'objet central de sa thèse de doctorat de l'Université de Toulouse III Paul Sabatier, intitulée Études des déterminants du départ d’un site de halte migratoire: modélisation et implications pour la gestion, soutenue le 9 décembre 2020 par visioconférence. C'est une tristesse pour Sébastien d'avoir soutenu dans de telles conditions... mais c'est aussi une chance: la soutenance a été enregistrée, et cela vous permet d'en bénéficier.
Cette vidéo est composée d’une présentation d’environ 45min, pendant laquelle Sébastien a choisi de développer ses travaux sur la modélisation de la probabilité de départ de halte migratoire chez des passereaux paludicoles, et ses déterminants. S'en suit la discussion avec le jury sur une durée d'un peu plus de 2h. Cette présentation traite des questions écologiques et méthodologiques relatives à l’étude de la halte migratoire à partir des données de baguage. Elle se structure en 3 cas d’études, reposant sur les jeux de données collectés par le réseau des bagueurs du CRBPO. Le premier cas d'étude porte sur la halte migratoire (en particulier les déterminants du départ) du phragmite des joncs sur la station de de Trunvel, à partir de 30 ans de données. Le second cas d'étude se place à l'échelle de la communauté de passereaux paludicoles s'arrêtant en halte sur un même site. Le but était d'étudier la synchronisation des départs entre 3 espèces s'arrêtant sur un même site (étude répliquée sur 3 sites). Enfin, le troisième cas d'étude utilise des données simulées pour vérifier la capacité des modèles de capture-marquage-recapture à estimer une durée de halte moyenne qui pourrait servir d’outil à la gestion et à la conservation des sites de halte migratoire.
Les propos de Sébastien sont facilement compréhensibles et orientés vers la gestion des sites de halte migratoire. Cette soutenance est ainsi une occasion rare de prendre connaissance des principes d'analyses des données de halte migratoire, et des connaissances qui en découlent sur la durée de halte migratoire (3 fois supérieure à la durée minimale observée), et les déterminants de la probabilité de repartir en migration (qui s'avère être largement dépendante du temps passé sur le site, et relativement synchrone entre espèces d'un même milieu). Enfin, il énonce les perspectives pour une application en évaluation de gestion d'habitat en faveur de la fonctionnalité écologique pour les passereaux migrateurs.
Ces études ont été possibles grâce à l'implication sur des décennies de dizaines de bagueurs d'oiseaux, bénévoles et professionnels. Les suivis à Trunvel (Baie d'Audierne) ont été assurés par Bretagne Vivante, coordonnés par Bruno Bargain puis Gaétan Guyot. Les suivis sur les sites permettant l'étude de la synchronie ont été assurés par ACROLA à Donges (Estuaire de la Loire), coordonné par Hubert Dugué (2009-2014), par l'ONCFS/OFB au Massereau (Estuaire de la Loire), coordonné par Jean-Luc Chil puis Sébastien Gautier (2014-2016), et par la Maison de l'Estuaire de la Seine, coordonné par Pascal Provost (2007-2009).
Résumé de la thèse Chaque année des dizaines de millions d’oiseaux migrateurs voyagent entre leurs aires de reproduction et leurs aires d’hivernage. Ce voyage de plusieurs milliers de kilomètres implique des contraintes météorologiques et énergétiques qui conduisent les oiseaux à effectuer des haltes migratoires. Les contraintes énergétiques forcent alors les oiseaux à refaire leurs réserves d’énergie durant ces haltes pour pouvoir effectuer de nouveau un vol de plusieurs centaines de kilomètres. En conséquence de cela, plus de 80% du temps total de migration est passé sur les sites de halte. Mieux comprendre les déterminants du départ d’un site de halte migratoire est donc crucial pour mieux appréhender le phénomène de la migration dans sa globalité ainsi que les variations de fitness d’une espèce. C’est pourquoi cette thèse, à l’interface entre modélisation et écologie de la migration, vise à obtenir une meilleure compréhension des décisions d’oiseaux migrateurs lors de leurs haltes à partir de données de capture-marquage-recapture récoltées parfois depuis des dizaines d’années et sur différents sites. En plus de cela, les potentielles implications en termes de gestion d’un site de halte seront abordées. La thèse s’articule sous la forme de 4 parties principales.
La première vise à mesurer la part relative des conditions environnementales et du temps depuis l’arrivée dans la décision de départ d’un passereau migrateur. Elle a démontré que le temps depuis l’arrivée était alors plus important que les conditions environnementales pour un passereau migrateur transsaharien quand il s’agissait de décider de partir d’un site de halte.
La seconde consiste à évaluer comment différents trajets de migration influencent les décisions de départ sur différents sites de halte d’une même espèce de limicole. Elle a de son côté démontré que la durée moyenne de halte était plus longue pour les oiseaux se préparant à un vol au-dessus de l’océan mais que les conditions environnementales choisies pour le départ convergeaient entre les deux sites.
La troisième a pour but le développement d’un modelé multi-espèces pour explorer la synchronie dans la décision de départ d’un site de halte entre plusieurs espèces de passereaux migrateurs transsahariens. Elle a révélé que les variations quotidiennes de probabilités de départ étaient fortement synchrones entre les différentes espèces et que ce résultat était réplicable entre différents sites. De plus, dans la continuité́ de la partie 1, elle a révélé que le temps depuis l’arrivée était l’élément qui tendait à synchroniser les variations de probabilités de départ entre les espèces.
La quatrième porte sur le pourquoi et comment utiliser la durée de halte estimée par les modèles de capture-recapture comme un outil de gestion des zones de halte migratoire. Elle passe en revue les différents aspects utiles de cette métrique pour des problématiques de gestion et de conservation des oiseaux migrateurs.
Dans l’ensemble, ces travaux permettent d’affiner nos connaissances sur les décisions de départ d’un site de halte migratoire et des outils d’analyses associés pouvant à la fois être utiles pour découvrir de nouvelles facettes de la migration ainsi que pour la gestion et la conservation des oiseaux migrateurs et de leurs zones de halte.
Les zones humides sont des habitats très productifs utilisés par de nombreuses espèces d’oiseaux comme halte migratoire. Cependant, ces habitats sont fortement menacés, impactés et réduits par les activités humaines (changements d'usage des sols, assèchement, abandon, introduction d'espèces exotiques envahissantes, réchauffement climatique...). Une meilleure compréhension de l'utilisation spatio-temporelle des zones humides et de leurs zones environnantes par les oiseaux migrateurs est essentielle pour prédire comment ces changements pourraient affecter leur écologie pendant leur migration.
Nous avons choisi un passereau généraliste, la Gorgebleue à miroir Luscinia svecica, comme modèle pour comprendre comment les oiseaux migrateurs exploitent une zone humide très anthropisée du sud-ouest de la France (Barthes de la Nive) pendant la migration d'automne. Nous avons capturé et radio-suivi 29 jeunes Gorgebleue sur ce site, pour caractériser différents aspects de son écologie et comportement, tels que temps de séjour, sélection de l'habitat et taille du domaine vital. Nous avons également analysé le régime alimentaire et évaluer les ressources trophiques en arthropodes de différents habitats.
Les gorgebleues ont sélectionné positivement les roselières pures ou mixtes (associées au carex), les prairies hydrophiles et les cultures de maïs. Les oiseaux séjournant plus d'un jour, 8,4 jours en moyenne, utilisaient de préférence des cultures de maïs. La superficie des domaines vitaux était en moyenne de 5,8 ha (Kernels 95) et celle des zones de forte fréquentation était de 1,36 ha (Kernels 50) avec une grande variation individuelle.
Les gorgebleues s'arrêtant avec de faibles réserves énergétiques avaient des domaines vitaux plus grands et utilisaient de préférence des cultures de maïs, des prairies humides ou mésotrophes et des sentiers ruraux. Les roselières étaient généralement utilisées en dortoirs pour la majorité des oiseaux, situés en moyenne à 397 m des surfaces exploitées de jour. Les oiseaux séjournant de courte durée avaient des réserves énergétiques plus élevées et limitaient leurs activités à un domaine vital plus petit (1 ha) dans des roselières pures et mixtes. Le régime alimentaire des gorgebleues était dominé par les fourmis, les araignées et les coléoptères. Ces derniers étaient particulièrement abondants dans les cultures de maïs.
L'utilisation de ces cultures par les gorgebleues migrant en automne sur notre site d'étude semble une solution raisonnable dans un environnement très altéré. Absence ou réduction des insecticides dans les cultures, usage raisonné des engrais, et report des récoltes après la mi-octobre sont deux mesures supplémentaires qui, associées à une bonne gestion des parcelles de zones humides restantes, pourraient grandement favoriser la Gorgebleue et d'autres espèces migratrices insectivores de cette région.
