Des indicateurs locaux pour renseigner sur le fonctionnement des populations de passereaux en hiver

Capture en SPOL Mangoire (M. Herrmann)

Le suivi des populations d'oiseaux communs en hiver est difficile car les oiseaux sont en faible densité, agrégés et très mobiles. La principale manière pour documenter le fonctionnement des populations hivernantes de manière standardisée est de les attirer avec de la nourriture. C'est le principe du Suivi par baguage des Populations d'Oiseaux Locaux à la Mangeoire (SPOL Mangeoire): en distribuant des graines régulièrement, nous parvenons à documenter le fonctionnement hivernal des espèces granivores (principalement les mésanges et les fringilles). Ce suivi a démarré en 2007, et a collecté jusqu'à présent 611816 données pour 453944 individus de 135 espèces, générant 123942 contrôles au sein du même hiver, et 33697 contrôles d’un hiver à l’autre. Vingt-cinq espèces sont documentées par, en moyenne, plus de 50 individus capturés par hiver.

Sur le même principe que pour le suivi des passereaux communs en reproduction, nous venons de produire une série d'indicateurs caractérisant l'état et le fonctionnement des populations de passereaux communs en hiver, sur la base des données du SPOL Mangeoire. Nous assemblons ces indicateurs dans des rapports individualisés pour chacun des 151 sites ayant appliqué correctement le protocole pendant au moins 3 hivers successifs. Le but de ces rapports est que chacun puisse comprendre si les variations qu'il observe d'une année sur l'autre sur son site sont plutôt attribuables à des phénomènes généraux (p. ex. hiver doux à l'échelle nationale; la majorité des sites varient de la même façon), versus à des phénomènes locaux, spécifiques du site (p. ex. coup de froid, pratiques agricoles environnantes). Ces rapports ont vocation à être actualisés après chaque hiver.

Ces rapports reposent sur 5 indicateurs rendant compte des variations entre sites et d'une année sur l'autre:
- de l'abondance des passereaux (le nombre d'individus capturés),

- de la stabilité des oiseaux hivernants (basé sur les différences de nombre d'individus capturés entre mois, et sur les recaptures d'oiseaux marqués d'un mois sur l'autre),

- de leur reproduction passée et leur propension à migrer (dit structure en âge: proportion de jeunes parmi les oiseaux capturés), 

- de leur survie et leur fidélité au site (proportion d'individus retrouvés sur le même site l'année suivante), et

- de leur condition corporelle (masse relative).

Vous trouverez sur le site du CRBPO, à la page dédiée au SPOL Mangeoire, un exemple de rapport, ainsi que certains indicateurs présentés à l'échelle nationale pour la période 2007-2021.

La production de ces indicateurs a été possible grâce aux contributions de 260 bagueurs, au développement d’un programme d’analyse spécifique coordonné par Romain Lorrillière, et à l'écriture de ce programme par Sophie Benboudjema (stage volontaire de master 1, Ecole Polytechnique) et Romane Fort en 2021 (stage volontaire de master 1, Ecole Nationale Supérieur d'Agronomie de Toulouse), et grâce au soutien de l’ANR-16-CE2-0007 DEMOCOM. Il s'agit d'une première version, que nous affinerons ultérieurement.

Rédacteur: Pierre-Yves Henry

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Mortalité massive de mésanges bleues en Allemagne, à surveiller en France

Mésange bleue symptomatique (photo:  O. Schäfer, via NABU)

Les premiers cas suspects de mortalité chez les mésanges bleues en Allemagne ont été notés durant le première quinzaine du mois de Mars. L'épidémie a ensuite progressé et vient brusquement de s'accélérer. En effet, le nombre d'oiseaux malades ou morts notifiés au NABU (via un formulaire électronique dédié) continuent de grimper et sont passées d'un total de 8000 entre Mars et Pâques, à 15000 le 15/4, puis 20000 le 17/4, 26000 le 21/4 et 32000 le 30/4 (voir l'article en allemand sur le site NABU - l'ONG nationale de protection des oiseaux allemande).

Mise à jour le 5 mai 2020: le pic d’infection  pourrait être passé, puisque le nombre d'individus morts signalés par jour est stabilisé à ~200 individus, alors qu'il était de 1200 individus lors du pic (10/04).

En parallèle, l'épidémie s'étend géographiquement et il y a maintenant des cas confirmés en Belgique, aux Pays-Bas et au Luxembourg. En date du 29/04/2020, S. ornithocola n’a pas encoré été mise en évidence en France, et aucune mortalité anormale de mésange n’a été signalée (fide A. Decors et A. Payne, SAGIR).

Si vous observez des mortalités groupées dans le temps et l’espace (p.ex. >3 mésanges bleues en 3 semaines pour un jardin, ce qui correspond aux critères habituels de vigilance) en France, signalez-le au réseau de surveillance épidémiologique de la faune sauvage (SAGIR).

L'agent pathogène est resté mystérieux durant les premières semaines de l’épidémie. Les soupçons se sont ensuite orientés vers Suttonella ornithocola qui vient d'être formellement confirmée. Il s’agit une bactérie de la famille des Cardiobacteriaceae formellement décrite en 2005 (Foster et al. 2005). Toutefois, sa découverte remonte au printemps 1996 où elle fut impliquée dans plusieurs évènements de mortalité de mésanges en Angleterre et au Pays de Galle (Kirkwood et al. 2006). Depuis sa découverte, cette bactérie cause sporadiquement des épisodes de mortalité limitée chez les mésanges à travers la Grande-Bretagne (Lawson et al. 2011). Jusque récemment, ce pathogène semblait restreint géographiquement au Royaume-Uni, mais cette bactérie a été confirmée comme l’agent responsable de petits épisodes de mortalité chez des mésanges en Finlande et en Allemagne aux printemps 2017 (EVIRA 2017) et 2018 (Merbach et al. 2019) respectivement.

L'infection entraîne des symptômes non-spécifiques et une maladie de type pneumonie associée avec des nécroses pulmonaires multiples (Lawson et al. 2011, EVIRA 2017). Les oiseaux atteints restent assis, léthargiques avec leurs plumes gonflées, ne tentant pas d'échapper aux personnes qui s'approchent, ils n’arrivent plus à s’alimenter, éprouvent des difficultés respiratoires et présentent souvent des atteintes oculaires. Apparemment, les individus manifestant ces symptômes auraient développé une forme avancée de la maladie, fatale en peu de temps.

S. ornithocola affecte presque exclusivement les mésanges bleues, toutefois les autres espèces de mésanges (Paridae et Aegithalidae) peuvent potentiellement être infectées. Des cas de mortalité ont d’ailleurs été confirmés chez les mésanges noires, à longues-queues et charbonnières (Forster et al. 2005, Lawson et al. 2011, EVIRA 2017, Merbach et al. 2019).

Relativement peu de choses sont connues concernant la transmission de S. ornithocola chez les mésanges, seule la saisonnalité printanière de l’infection semble constante. Étant donné que la bactérie provoque une infection pulmonaire, une contamination par les aérosols (c'est-à-dire gouttelettes d'agent infectieux) libéré par la toux ou les éternuements est considérés comme la voie de transmission la plus probable (Lawson et al. 2011). La durée pendant laquelle S. ornithocola peut survivre dans l'environnement est inconnue.

Le diagnostic de S. ornithocola est généralement fait post-mortem et n’est pas aisé puisque, les atteintes observées ne sont pas spécifiques et que cette bactérie requiert des conditions de culture exigeantes en laboratoire. Des tests moléculaires ont donc été développés et sont nécessaires pour confirmer la présence de S. ornithocola (Peniche et al. 2017).

Cette bactérie n'a jamais été détectée chez l'homme, les mammifères ou d’autres oiseaux que les mésanges et n’est donc pas considérée comme pathogène potentiel pour l’homme. Il convient toutefois d’éviter tout contact ou manipulation avec des oiseaux morts ou symptomatiques (en effet, d’autres agents pathogènes potentiellement zoonotiques peuvent être présents).

L’ampleur de l’épidémie sévissant actuellement en Allemagne est surprenante puisque jusqu’ici S. ornithocola n’avait entrainé que des épisodes épidémiques limités. La situation semblant se détériorer, afin de limiter la transmission, il est impératif d’éviter tout rassemblement et concentration d’oiseaux. Le seul moyen d'agir est donc de stopper tout nourrissage dans les jardins au printemps/été, et d’enlever les mangeoires et abreuvoirs (ce qui d'ailleurs devrait déjà être fait à cette date, cf. post sur ‘Recommandations d'hygiène pour le nourrissage des oiseaux des jardins’).

Références citées

• Foster G, Malnick H, Lawson PA, Kirkwood JK, Macgregor SK, Collins MD. 2005. Suttonella ornithocola sp. nov., from birds of the tit families, and emended description of the genus Suttonella. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 55, 2269-2272. 
• Kirkwood JK, Macgregor SK, Malnick H, Foster G. 2006. Unusual mortality incidents in tit species (family Paridae) associated with the novel bacterium Suttonella ornithocola. Veterinary Records, 158, 203-205.
• Lawson B, Malnick H, Pennycott TW, Macgregor SK, John SK, Duncan G, Hughes LA, Chantrey J, Cunningham AA. 2011. Acute necrotising pneumonitis associated with Suttonella ornithocola infection in tits (Paridae). Veterinary Journal, 188, 96-100. 
• EVIRA (Finnish Food Safety Authority). 2017. Suttonella ornithocola infection associated with mortality in Finnish tits (Paridae). In European Wildlife Diseases Association – Bulletin, 16, Newsletter Summer 2017, p. 12. 
• Merbach S, Peters M, Kilwinski J, Reckling D. 2019. Suttonella ornithocola-associatedmortality in tits in Germany. Berliner und Münchener tierärztlicheWochenschrift 2019, aop. 
• Peniche G, Rodriguez-Ramos Fernandez J, Durrant C, John SK, Macgregor SK, Cunningham AA, Lawson B. 2017. Nested PCR for Suttonella ornithocola reveals widespread infection in British Paridae species. European Journal of Wildlife Research, 63, 50.
  

Rédacteur: Jean-Marc Chavatte

EuroCES project: la base centralisée des programmes STOC-Capture européens

Dans le cadre d'EURING, les centrales nationales de baguage européennes ont mis en commun leurs données de STOC Capture (suivi de site par baguage à effort constant, Constant Effort Site en anglais) dans une base de donnée unique, appelée EuroCES (initiative coordonnée par Rob Robinson, BTO, pour EURING).
En février 2016, cette base de données contenait 2 678 414 données de capture, pour 2 111 788 individus, de 318 espèces, sur 1397 sites en Europe (9 pays), sur une durée maximale de 33 ans. Les 5 espèces les plus capturées sont la Rousserolle effarvate (210 174 données), le Pouillot fitis (191 336 données), la Fauvette à tête noire (169 566 données), la Mésange bleue (125 737 données) et le Rougegorge familier (121 308 données).
Ces chiffres sont préliminaires, plusieurs programmes n'ayant pas encore transmis leurs données (pays en jaune dans la figure ci-dessous).

Disttribution des stations "STOC Capture" en Europe dont les données sont intégrées dans la base EuroCES d'EURING (février 2016). Plus la couleur du point est foncée, plus la série temporelle est longue. Les pays en jaune sont ceux mettant en oeuvre un protocole du type du STOC Capture.

Des nouvelles du SPOL Mangeoire

Le Suivi des Populations d'Oiseaux Locaux (SPOL) avec Mangeoire a pour but de documenter sur le long terme les stratégies d’hivernage des passereaux communs granivores en France. Ce programme a été lancé à l’hiver 2003-2004. La participation a réellement démarré à l’hiver 2007. A ce jour, nous comptons 292731 données collectées, pour 220067 individus et 10967 contrôles interannuels. Ces données ont été collectées sur 191 stations différentes, dont 60 en 2013-2014. Ces chiffres sont ceux des stations ayant collecté des données au moins une fois par mois, entre décembre et février.
Les espèces les plus capturées sont la Mésange bleue (52731 individus), la Mésange charbonnière (50508 ind.) et le Verdier d'Europe (42618 ind.).
L'indice d’abondance hivernale (défini comme le nombre d’individus capturés par mètre de filet par heure d’activité de capture) montre qu'il qu’il y a eu peu d’oiseaux aux mangeoires lors des hivers 2013-2014 et 2014-2015 ; et à l’inverse une forte abondance au cours de l’hiver 2012-2013. Ce constat, basé sur les chiffres totaux, est en fait surtout dû aux abondances de mésanges (bleue et charbonnière), et dans une moindre mesure à celles des verdiers et chardonnerets.
 Pour plus de détails, rendez-vous sur l'article du SPOL Mangeoire.

Nombre d'individus capturés par an 

Répartition des stations de SPOL Mangeoire pour l'hiver 2013-2014

Indice d’abondance toutes espèces confondues - les limites des ’boîtes à moustaches’, en partant du bas sont : borne inférieure, 25%, 50%, 75% et borne supérieure des données par site. Les points individualisés sont des données hors norme.