Saisie des données historiques de baguage: où en en sommes-nous ?

Les données de baguage, contrôle et reprise d'oiseaux porteurs de bagues françaises comme étrangères sont toutes informatisées dans la base de données du CRBPO depuis l'an 2000. Un gigantesque chantier attendait donc l'équipe avec la nécessité pressante d'informatiser les millions de données historiques (de 1900 à 2000) conservées sous format papier dans nos archives !

Classeurs de données de baguage rangés par type et n°de bagues

L'opportunité de saisir ces données a débuté en 2015 lorsque le CRBPO s'est vu attribuer deux postes d'agents de saisie à temps plein pour ce travail de longue haleine, réalisé sans interruption par nos collègues du Muséum Marielle Peroz et Khaldia Akkari.

Leur première mission (2015-2017) aura été la saisie de l'ensemble des donnée historiques de baguage, contrôle et reprise de grands turdidés (merles et grives) avec le renfort de personnels de l'OFB, en anticipation d'un projet de thèse de doctorat sur les changements de stratégie migratoire de ces espèces gibier (voir le post dédié). Ce sont ainsi 220 000 données de baguage, 23 000 données de reprise (oiseaux trouvés morts) et 6360 données de contrôles (oiseaux recapturés vivants) de Turdus qui ont été informatisées ! 

Est venu ensuite (2018) le projet de saisir une grande partie des données de baguage des oiseaux marqués avec les bagues de préfixe G et F. Ces bagues sont utilisées pour marquer plusieurs espèces chassables, qui font l'objet de programme de suivis actuels, et pour lesquelles il fallait mettre les données à disposition dès que possible, afin d'assurer la meilleure expertise possible sur l'évolution du statut migratoire de ces espèces: cailles, grands limicoles (courlis, barges), sarcelles, tourterelles. Cela correspond à la saisie de plusieurs dizaines de milliers de données de baguage, dont une grande partie a été traitée de manière entièrement bénévole par notre collègue bagueur Bernard Chanchus.

Plus spécifiquement pour les espèces visées cela représente, en nombre de données de baguage : environ 10 300 vanneaux huppés, 500 pluviers dorés, plus de 3000 chevaliers gambettes, 1500 barges, 1000 courlis corlieu, 6500 sarcelles d'été (marquées principalement en Afrique), 1000 tourterelles turques, 4200 tourterelles des bois (en Afrique pour beaucoup), 4000 cailles des blés ....!

Depuis 2019, Khaldia et Marielle se sont focalisées sur la saisie de l’ensemble des données de contrôle et reprise pour toutes les espèces, y compris les étrangères. Ce chantier à été jugé  prioritaire en vue des futures parutions des atlas français et européens sur les migrations (prévus pour 2022).

Pour les aider dans cette mission ambitieuse, le Muséum nous a fait la faveur en 2020 d'affecter 6 mois de CDD sur cette mission, ce qui nous a permis d'accueillir Carole Leray au sein de l'équipe. Elle aura réalisé sa mission avec succès malgré les restrictions liées à la crise sanitaire Covid. Son départ récent est l'occasion de faire un point sur le travail accompli et sur ce qu'il reste à faire.

La quasi totalité des données de reprise historique est à ce jour intégrée à la base de donnée nationale, ce qui représente plus de 100 700 fiches (une fiche = une donnée de baguage associée à une ou plusieurs données de contrôle/reprise), soit environ 1 250 jours de travail !

Il ne reste plus que 7 espèces dont les quelques 21 570 fiches seront saisies au cours de 2021: Cigogne blanche, Héron cendré, Flamant rose, Grand cormoran, Goéland argenté, Mouette rieuse et Étourneau sansonnet. 

PS:  La saisie de la totalité de ces fiches de reprises historiques archivées au CRBPO a été finie le 21/01/2022.

Exemple de tiroir contenant des fiches de reprises étrangères classées par espèces et dates

Pour rappel, toutes ces données informatisées peuvent être explorées au travers de l'interface CRBPOData, laquelle est mise à jour chaque mois.

Un grand merci à Marielle, Khaldia, Carole, Bernard, aux collègues de l'OFB et toutes les personnes qui ont participé à ce travail parfois rébarbatif et bien plus complexe que vous ne pouvez l'imaginer (difficulté de relecture, faute de frappe ou données imprécises, noms vernaculaires d'espèces qui changent avec le temps, difficulté à retrouver certaines localités sans coordonnées géographiques, changement de noms voir de pays pour certaines localités étrangères, en particulier avant la première guerre mondiale ou dans les anciennes colonies françaises en Afrique ...).

Cependant il reste encore beaucoup à faire: 11 500 000 données de "baguage seul" (c'est à dire n'ayant pas donné lieu à une ré-observation de l'individu) restent à informatiser, afin de les rendre disponible pour la recherche et l'expertise, et ainsi valoriser le travail de terrain accompli par les centaines de bagueurs du siècle passé et par nos prédécesseurs du Centre de Recherches sur la Migration des Mammifères et des Oiseaux (CRMMO) ! En saisie manuelle, cela représenterait 60 ans de saisie pour une seule personne... D'autres méthodes plus efficaces vont être explorées ! La saisie de ces données est très importante afin de disposer des grands totaux de baguage, information indispensable pour révéler les changements démographiques, biométriques, et d'occurrence sur le très long terme (en particulier pour les espèces dont l'aire de répartition s'est aujourd'hui considérablement morcelée, telles que le bruant ortolan, les pie-grièches, la linotte à bec jaune ... , ou dans le cas d'espèces communes ayant fortement décliné, telles que le bruant des roseaux, le moineau friquet, ...).

Un exemple de page manuscrite de données de baguage historique  (1953) (remarquer les noms d'espèces usités à l'époque : rouge queue de muraille, bergeronnette hochequeue !)

Rédacteur : Romain Provost en charge de la coordination de la saisie d'archive

Explorer les données de baguage de Belgique

Le centre de baguage belge vient de lancer son nouveau site internet: BeBirds. Vous pouvez notamment y consulter les cartes des quelques 800000 reprises/contrôles pour 271 espèces.
Nous espérons avoir une telle interface pour l'exploration en ligne des données françaises: nous soumettons le projet à financer cette semaine !

Les tarins vadrouillent avec la même bande

Juan Carlos Senar et al. viennent de montrer qu'une partie des tarins des aulnes (Carduelis spinus) voyage en bande cohésive: 18 groupes de 2 à 58 individus capturés en un même lieu un même jour ont été recapturés ensemble à grande distance (mediane 200 km, maximum 1296 km) dans les mois suivants. Ces données sont issues de la base de données de reprises d'EURING, à laquelle le CRBPO contribue avec toutes les données françaises.
Référence: Senar, Kew & Kew (2015) Do Siskins have friends? An analysis of movements ofSiskins in groups based on EURING recoveries. Bird Study 62, 566-568.

Photo : Aurélien AUDEVARD

Connectivité migratoire chez le Rollier d'Europe

Les oiseaux migrateurs déclinent aujourd’hui plus vite que les autres. Pour étudier les facteurs influençant ce déclin, il est indispensable d’étudier les migrateurs à l’échelle individuelle tout au long de leur cycle annuel. L’étude des populations de migrateurs quant à elle ne doit pas se limiter aux populations nicheuses : il est crucial de comprendre comment les oiseaux issus des différentes populations nicheuses se mélangent au cours de la période internuptiale (connectivité migratoire). Nous avons réalisé la première étude à grande échelle sur la stratégie de migration du Rollier d’Europe, espèce Quasi-Menacée (NT) au niveau mondial. Pour cela, nous avons combiné de nouvelles données issues de balises GLS (géolocateurs) avec d’autres déjà publiées ainsi que des données issues de balises GPS et des reprises de bagues. Les 31 individus issus de 7 populations d’Europe utilisés pour cette étude nous ont permis de déterminer une connectivité migratoire de niveau moyen pour l’espèce. Ainsi, même si certains individus issus de populations nicheuses différentes hivernent dans des secteurs géographiques identiques, la distribution globale des sites d’hivernage n’est pas liée au hasard. Une corrélation positive existe entre la longitude du site de reproduction et celle du site d’hivernage, de même qu’entre les distances entre sites de reproduction et sites d’hivernage. Nous mettons également en évidence pour la première fois que pour la voie de migration Est du rollier, les oiseaux nichant les plus au Nord hivernent plus au Sud que ceux nichants au Sud de l’Europe (« leap-frog migration »), et que de nombreux oiseaux font un détour très à l’Est par la péninsule arabique au printemps (« loop migration »). Enfin, cette étude confirme l’importance de la région du Sahel autour du Lac Chad pour la halte migratoire du rollier.

Connexion entre aires d'hivernage et aires de reproduction chez le Rollier d'Europe, et répartition des populations reproductrices au sein de l'aire d'hiverbage

Référence: Finch, T., Saunders, P., Avilés, J. M., Bermejo, A., Catry, I., de la Puente, J., Emmenegger, T., Mardega, I., Mayet, P., Parejo, D., Račinskis, E., Rodríguez-Ruiz, J., Sackl, P., Schwartz, T., Tiefenbach, M., Valera, F., Hewson, C., Franco, A., Butler, S. J., Butler, S. J. (2015). A pan-European,multipopulation assessment of migratory connectivity in a near-threatenedmigrant bird. Diversity and Distributions, 21(9): 1051-1062. doi:10.1111/ddi.12345

 Traduction du résumé de l'article par Timothée Schwartz, responsable du programme personnel ayant permis l'implication de populations françaises dans cette étude. 

La reprise de la semaine

Régulièrement,en fonction de ce qui nous arrive et de nos disponibilités, nous vous présentons une donnée de contrôle ou reprise de bague récente qui sort de l'ordinaire. Il peut s'agir d'une espèce pour laquelle nous n'avons que peu d'informations, d'un déplacement inhabituel ou remarquable, d'une longévité élevée etc

Reprise d'une Sterne caspienne de 26 ans

Photo : Aurélien Audevard

La Sterne caspienne (Hydroprogne caspia) est un migrateur peu commun en France (quelques centaines d'individus par ans). La population traversant l'hexagone aux deux passages est originaire de mer Baltique où plusieurs programmes de baguage existent dans les pays baltes et scandinaves concernés . 

Synthèse cartographique des contrôles/reprises de Sternes caspienne issus de la base de données du CRBPO

Des individus porteurs d'une bague métallique, à laquelle peut s'ajouter une bague colorée, sont parfois notées mais les distances d'observations permettent rarement leur lecture. Ainsi, la majorité des données contenues dans la base du CRBPO est constitués de reprises (généralement d'oiseaux piégés ou tirés) dans les zones d'hivernages d'Afrique de l'Ouest. 

Ce printemps fournit également une donnée de reprise d'un individu trouvé blessé par tir non pas au sud du Sahara mais bien dans le Sud de la France, à Lansargues (34) le 09 avril 2015. Il s'agissait d'un oiseau originaire de Suède ayant atteint l'âge respectable de 26 ans (bagué poussin en juin 1988), le record de longévité en Europe étant de 30 ans pour cette espèce (http://www.euring.org/data_and_codes/longevity.htm)

La reprise de la semaine

Régulièrement,en fonction de ce qui nous arrive et de nos disponibilités, nous vous présentons une donnée de contrôle ou reprise de bague récente qui sort de l'ordinaire. Il peut s'agir d'une espèce pour laquelle nous n'avons que peu d'informations, d'un déplacement inhabituel ou remarquable, d'une longévité élevée etc

Bilan des contrôles de Phragmite aquatique "français" sur leurs sites de nidification

Au cours du printemps 2014, quatre Phragmites aquatiques (Acrocephalus paludicola) porteurs d'une bague française ont été contrôlés sur leurs sites de reproductions : 

Trois contrôles ont été réalisés au mois de juin en Pologne, concernant deux oiseaux bagués adultes en août 2013, l'un dans l'estuaire de la Loire à la réserve du Massereau/Frossay (44), l'autre dans les basses vallées angevines à Soulaire et Bourg (49). Le troisième individu fut bagué aussi en août 2013, alors juvénile, dans l'estuaire de la Gironde à Chenac St Seurin d'Uzet (17).

Une femelle a également été contrôlée le 24 juillet 2014 en Biélorussie. Cet oiseau avait été bagué juvénile en août 2012 en baie de l'Aiguillon à Triaize (85).

Mesure de la longueur de l'aile pliée chez un Phragmite aquatique

Photo: Pierre Rivalin 

Il existe actuellement  dans la base du CRBPO  32 données qui nous renseignent sur l'origine des phragmites aquatiques stationnant en France : 21 concernent la Pologne, 7 la Biélorussie, 4 l'Ukraine (ces trois pays regroupant 90 % de la population nicheuse mondiale) ainsi qu'une donnée en Lituanie, par lecture de la bague métallique sur photos !

Ces données sont importantes pour une meilleure connaissance de cette espèce mondialement menacée, qui ne pourrait exister sans l'implication des bagueurs, en particulier français, mais aussi sans une fluidité dans l'échange d'informations entre les différentes centrales étrangères d'une part et dans la transmission des données des bagueurs vers leurs centrales de baguages d'autre part. 

Pour exemple, nous avons reçu de la part d'un chercheur étranger une demande de renseignement à propos d'un contrôle français de Phragmite aquatique en Biélorussie en 2013, alors que nous n'avons toujours rien reçu de la part de la centrale de baguage biélorusse... Il reste donc à craindre que des données ne se perdent pour la collectivité notamment en cas d'échange d'information directement entre bagueurs.

La reprise de la semaine

Régulièrement,en fonction de ce qui nous arrive et de nos disponibilités, nous vous présentons une donnée de contrôle ou reprise de bague récente qui sort de l'ordinaire. Il peut s'agir d'une espèce pour laquelle nous n'avons que peu d'informations, d'un déplacement inhabituel ou remarquable, d'une longévité élevée etc

Un Rouge-gorge Ukrainien dans le Sud de la France 

 Reçue le mois dernier, une bague ukrainienne trouvée sur un Rougegorge familier (Erithacus rubecula) découvert mort le 1er décembre 2014 par un particulier à Saint-Raphaël, dans le Var. Réponse rapide de nos collègues de Kiev : individu bagué juvénile le 13 juin 2014 dans l'Est du pays (région de Kharkiv), à 2362 km de son lieu de reprise.

Photo: Romain Provost

D'après la base du CRBPO, il s'agirait de l'origine la plus lointaine à cette latitude pour un rouge-gorge trouvé en France (il existe une autre donnée concernant un individu bagué dans l'Ouest de l'Ukraine à proximité de la frontière Polonaise).

Les données concernant cette partie de l'Europe restent peu fréquentes, en particulier chez les passereaux avec moins d'une vingtaine de cas, principalement des fauvettes paludicoles, au premier rang desquelles figure l’emblématique Phragmite aquatique. 

Synthèse cartographique des reprises de Martin-pêcheur

Suite au contrôle le 16/09/14 dans le delta de l'Ebre, en Espagne, d'un jeune Martin-pêcheur d'Europe (Alcedo atthis) bagué le 24/08/14 à Larrey (Côte d'Or) et ayant entrainé des discussions au sein du réseau des bagueurs, vous trouverez ci-dessous une synthèse cartographique issue des données de contrôles/reprises présentes dans la base du Muséum, pour illustrer nos connaissances sur les mouvements de l'espèce. 

                                                                       
Parmi les déplacements à l'étranger, 32 % concernent l'Espagne, dont un seul oiseau porteur d'une bague espagnole : un hivernant marqué aux Iles Baléares le 05/11/10 et recapturé le 29/05/12 à Brussey (70) ; 29% concernent des déplacements depuis ou vers l'Allemagne.

Le record de distance, 1767 km, est détenu par un juvénile bagué en Lithuanie le 10/09/2008 et contrôlé le 29/10/2008 à St-Marcellin-en-Forez (42).