Des indicateurs locaux pour renseigner sur le fonctionnement des populations de passereaux en hiver

Capture en SPOL Mangoire (M. Herrmann)

Le suivi des populations d'oiseaux communs en hiver est difficile car les oiseaux sont en faible densité, agrégés et très mobiles. La principale manière pour documenter le fonctionnement des populations hivernantes de manière standardisée est de les attirer avec de la nourriture. C'est le principe du Suivi par baguage des Populations d'Oiseaux Locaux à la Mangeoire (SPOL Mangeoire): en distribuant des graines régulièrement, nous parvenons à documenter le fonctionnement hivernal des espèces granivores (principalement les mésanges et les fringilles). Ce suivi a démarré en 2007, et a collecté jusqu'à présent 611816 données pour 453944 individus de 135 espèces, générant 123942 contrôles au sein du même hiver, et 33697 contrôles d’un hiver à l’autre. Vingt-cinq espèces sont documentées par, en moyenne, plus de 50 individus capturés par hiver.

Sur le même principe que pour le suivi des passereaux communs en reproduction, nous venons de produire une série d'indicateurs caractérisant l'état et le fonctionnement des populations de passereaux communs en hiver, sur la base des données du SPOL Mangeoire. Nous assemblons ces indicateurs dans des rapports individualisés pour chacun des 151 sites ayant appliqué correctement le protocole pendant au moins 3 hivers successifs. Le but de ces rapports est que chacun puisse comprendre si les variations qu'il observe d'une année sur l'autre sur son site sont plutôt attribuables à des phénomènes généraux (p. ex. hiver doux à l'échelle nationale; la majorité des sites varient de la même façon), versus à des phénomènes locaux, spécifiques du site (p. ex. coup de froid, pratiques agricoles environnantes). Ces rapports ont vocation à être actualisés après chaque hiver.

Ces rapports reposent sur 5 indicateurs rendant compte des variations entre sites et d'une année sur l'autre:
- de l'abondance des passereaux (le nombre d'individus capturés),

- de la stabilité des oiseaux hivernants (basé sur les différences de nombre d'individus capturés entre mois, et sur les recaptures d'oiseaux marqués d'un mois sur l'autre),

- de leur reproduction passée et leur propension à migrer (dit structure en âge: proportion de jeunes parmi les oiseaux capturés), 

- de leur survie et leur fidélité au site (proportion d'individus retrouvés sur le même site l'année suivante), et

- de leur condition corporelle (masse relative).

Vous trouverez sur le site du CRBPO, à la page dédiée au SPOL Mangeoire, un exemple de rapport, ainsi que certains indicateurs présentés à l'échelle nationale pour la période 2007-2021.

La production de ces indicateurs a été possible grâce aux contributions de 260 bagueurs, au développement d’un programme d’analyse spécifique coordonné par Romain Lorrillière, et à l'écriture de ce programme par Sophie Benboudjema (stage volontaire de master 1, Ecole Polytechnique) et Romane Fort en 2021 (stage volontaire de master 1, Ecole Nationale Supérieur d'Agronomie de Toulouse), et grâce au soutien de l’ANR-16-CE2-0007 DEMOCOM. Il s'agit d'une première version, que nous affinerons ultérieurement.

Rédacteur: Pierre-Yves Henry

.

Mortalité massive de mésanges bleues en Allemagne, à surveiller en France

Mésange bleue symptomatique (photo:  O. Schäfer, via NABU)

Les premiers cas suspects de mortalité chez les mésanges bleues en Allemagne ont été notés durant le première quinzaine du mois de Mars. L'épidémie a ensuite progressé et vient brusquement de s'accélérer. En effet, le nombre d'oiseaux malades ou morts notifiés au NABU (via un formulaire électronique dédié) continuent de grimper et sont passées d'un total de 8000 entre Mars et Pâques, à 15000 le 15/4, puis 20000 le 17/4, 26000 le 21/4 et 32000 le 30/4 (voir l'article en allemand sur le site NABU - l'ONG nationale de protection des oiseaux allemande).

Mise à jour le 5 mai 2020: le pic d’infection  pourrait être passé, puisque le nombre d'individus morts signalés par jour est stabilisé à ~200 individus, alors qu'il était de 1200 individus lors du pic (10/04).

En parallèle, l'épidémie s'étend géographiquement et il y a maintenant des cas confirmés en Belgique, aux Pays-Bas et au Luxembourg. En date du 29/04/2020, S. ornithocola n’a pas encoré été mise en évidence en France, et aucune mortalité anormale de mésange n’a été signalée (fide A. Decors et A. Payne, SAGIR).

Si vous observez des mortalités groupées dans le temps et l’espace (p.ex. >3 mésanges bleues en 3 semaines pour un jardin, ce qui correspond aux critères habituels de vigilance) en France, signalez-le au réseau de surveillance épidémiologique de la faune sauvage (SAGIR).

L'agent pathogène est resté mystérieux durant les premières semaines de l’épidémie. Les soupçons se sont ensuite orientés vers Suttonella ornithocola qui vient d'être formellement confirmée. Il s’agit une bactérie de la famille des Cardiobacteriaceae formellement décrite en 2005 (Foster et al. 2005). Toutefois, sa découverte remonte au printemps 1996 où elle fut impliquée dans plusieurs évènements de mortalité de mésanges en Angleterre et au Pays de Galle (Kirkwood et al. 2006). Depuis sa découverte, cette bactérie cause sporadiquement des épisodes de mortalité limitée chez les mésanges à travers la Grande-Bretagne (Lawson et al. 2011). Jusque récemment, ce pathogène semblait restreint géographiquement au Royaume-Uni, mais cette bactérie a été confirmée comme l’agent responsable de petits épisodes de mortalité chez des mésanges en Finlande et en Allemagne aux printemps 2017 (EVIRA 2017) et 2018 (Merbach et al. 2019) respectivement.

L'infection entraîne des symptômes non-spécifiques et une maladie de type pneumonie associée avec des nécroses pulmonaires multiples (Lawson et al. 2011, EVIRA 2017). Les oiseaux atteints restent assis, léthargiques avec leurs plumes gonflées, ne tentant pas d'échapper aux personnes qui s'approchent, ils n’arrivent plus à s’alimenter, éprouvent des difficultés respiratoires et présentent souvent des atteintes oculaires. Apparemment, les individus manifestant ces symptômes auraient développé une forme avancée de la maladie, fatale en peu de temps.

S. ornithocola affecte presque exclusivement les mésanges bleues, toutefois les autres espèces de mésanges (Paridae et Aegithalidae) peuvent potentiellement être infectées. Des cas de mortalité ont d’ailleurs été confirmés chez les mésanges noires, à longues-queues et charbonnières (Forster et al. 2005, Lawson et al. 2011, EVIRA 2017, Merbach et al. 2019).

Relativement peu de choses sont connues concernant la transmission de S. ornithocola chez les mésanges, seule la saisonnalité printanière de l’infection semble constante. Étant donné que la bactérie provoque une infection pulmonaire, une contamination par les aérosols (c'est-à-dire gouttelettes d'agent infectieux) libéré par la toux ou les éternuements est considérés comme la voie de transmission la plus probable (Lawson et al. 2011). La durée pendant laquelle S. ornithocola peut survivre dans l'environnement est inconnue.

Le diagnostic de S. ornithocola est généralement fait post-mortem et n’est pas aisé puisque, les atteintes observées ne sont pas spécifiques et que cette bactérie requiert des conditions de culture exigeantes en laboratoire. Des tests moléculaires ont donc été développés et sont nécessaires pour confirmer la présence de S. ornithocola (Peniche et al. 2017).

Cette bactérie n'a jamais été détectée chez l'homme, les mammifères ou d’autres oiseaux que les mésanges et n’est donc pas considérée comme pathogène potentiel pour l’homme. Il convient toutefois d’éviter tout contact ou manipulation avec des oiseaux morts ou symptomatiques (en effet, d’autres agents pathogènes potentiellement zoonotiques peuvent être présents).

L’ampleur de l’épidémie sévissant actuellement en Allemagne est surprenante puisque jusqu’ici S. ornithocola n’avait entrainé que des épisodes épidémiques limités. La situation semblant se détériorer, afin de limiter la transmission, il est impératif d’éviter tout rassemblement et concentration d’oiseaux. Le seul moyen d'agir est donc de stopper tout nourrissage dans les jardins au printemps/été, et d’enlever les mangeoires et abreuvoirs (ce qui d'ailleurs devrait déjà être fait à cette date, cf. post sur ‘Recommandations d'hygiène pour le nourrissage des oiseaux des jardins’).

Références citées

• Foster G, Malnick H, Lawson PA, Kirkwood JK, Macgregor SK, Collins MD. 2005. Suttonella ornithocola sp. nov., from birds of the tit families, and emended description of the genus Suttonella. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 55, 2269-2272. 
• Kirkwood JK, Macgregor SK, Malnick H, Foster G. 2006. Unusual mortality incidents in tit species (family Paridae) associated with the novel bacterium Suttonella ornithocola. Veterinary Records, 158, 203-205.
• Lawson B, Malnick H, Pennycott TW, Macgregor SK, John SK, Duncan G, Hughes LA, Chantrey J, Cunningham AA. 2011. Acute necrotising pneumonitis associated with Suttonella ornithocola infection in tits (Paridae). Veterinary Journal, 188, 96-100. 
• EVIRA (Finnish Food Safety Authority). 2017. Suttonella ornithocola infection associated with mortality in Finnish tits (Paridae). In European Wildlife Diseases Association – Bulletin, 16, Newsletter Summer 2017, p. 12. 
• Merbach S, Peters M, Kilwinski J, Reckling D. 2019. Suttonella ornithocola-associatedmortality in tits in Germany. Berliner und Münchener tierärztlicheWochenschrift 2019, aop. 
• Peniche G, Rodriguez-Ramos Fernandez J, Durrant C, John SK, Macgregor SK, Cunningham AA, Lawson B. 2017. Nested PCR for Suttonella ornithocola reveals widespread infection in British Paridae species. European Journal of Wildlife Research, 63, 50.
  

Rédacteur: Jean-Marc Chavatte

Recommandations d'hygiène pour le nourrissage des oiseaux des jardins

Mésange noire contrôlée à une mangeoire en Belgique (M. Spies)

Le nourrissage artificiel des animaux améliore probablement leur survie à l’hiver, de par leur meilleure condition et/ou la réduction des risques associés à la recherche de nourriture (dépense énergétique, prédation ; Plummer et al. 2019). Par contre, cela augmente la promiscuité (car beaucoup d’individus s’alimentent au même endroit) et cela augmente les contacts entre espèces qui normalement ne se rencontrent pas ou peu. Cette forte promiscuité intra- et inter-spécifique augmente le risque d’épidémie. Nous présentons ici 6 règles d’hygiène simples pour l’usage des mangeoires dans le cadre des suivis d'oiseaux par baguage. Ces règles ont été définies par Anouck Decors du Réseau de surveillance épidémiologique de l’ONCFS et Philippe Gourlay du Centre Vétérinaire de la Faune Sauvage et des Ecosystèmes (voir le communiqué de presse ONCFS/Muséum/CVFSE-ONIRIS/ADILVA 2019; ou le livret du Garden Bird Health Initiative, 2005, pour une version détaillée). Elles sont valables pour prévenir l’apparition de maladie infectieuse autour d’un poste de nourrissage, qu’elle soit d’origine bactérienne, virale, parasitaire ou fongique.

Quand nourrir ?

1- Uniquement en hiver. Lors du réchauffement printanier (et en été), les oiseaux en ont moins besoin, et le risque de prolifération de pathogènes (bactéries, champignons) est maximal du fait des températures et humidité croissantes. De fait, le nombre de signalements de mortalité anormale de verdiers à des mangeoires culmine au printemps (ONCFS et al. 2019).

Comment nourrir sainement ?

2- Utiliser une nourriture saine, sans pathogène. Pour ça, l’entreposer au sec, à l’abri des moisissures, des rongeurs, et des oiseaux domestiques (p. ex. poules, pigeons). Ne pas donner de nourriture moisie.

3- Utiliser un distributeur qui reste sain. Pour ça, préférer les mangeoires suspendues, et éviter les mangeoires plateaux. Ne pas nourrir à même le sol. Préférer les mangeoires en plastique, dont le nettoyage est plus efficace. Le nourrissage au sol est à éviter car les pathogènes contenus dans les fientes, ou sur les pattes des oiseaux, peuvent proliférer dans le sol et contaminer les oiseaux ultérieurement. Et des moisissures peuvent se développer sur la nourriture non-consommée.

4- Utiliser plusieurs points de nourrissage, éloignés, différents pour chaque type d’aliment, et les changer régulièrement d’emplacement. Cela réduit la concentration d’individus sur une même mangeoire, et la rencontre entre des espèces qui normalement ne se fréquentent pas, ou peu. Le déplacement des mangeoires réduit l’accumulation de germes sous les mangeoires.

5- Ajuster la quantité distribuée pour que la nourriture soit consommée dans les 2 jours.

Comment bien nettoyer les mangeoires ?

6- Retirer la nourriture non-consommée et les fientes ; laver au savon avec une brosse ; rincer abondamment ; puis appliquer une solution désinfectante (p. ex. eau de javel diluée à 5%, Virkon HD, THA ND) et rincer ; laisser sécher avant de remplir de nourriture. Idéalement, faire un nettoyage chaque semaine. Pour vous protéger pendant le nettoyage, portez des gants de ménage.

7- Si vous utilisez des abreuvoirs, appliquez les mêmes précautions, mais avec un nettoyage si possible chaque jour.

Que faire si vous constatez des mortalités anormales d'oiseaux à votre mangeoire ?
Stopper le nourrissage et l'abreuvement afin de réduire les risques de transmission d'agents infectieux aux oiseaux en bonne santé. Signaler ces mortalités anormales au réseau SAGIR.

Des recommandations d'hygiène similaires sont diffusées par l'Observatoire des Oiseaux des Jardins (Ligue de Protection des Oiseaux et Muséum National d'Histoire Naturelle).

Quelles preuves a-t'on de risques épidémiques aux mangeoires ?
Retenons deux maladies d'apparition récente parmi les oiseaux des jardins en France:

• La trichomonose. Cette maladie touche les fringilles, en particulier le Verdier d'Europe et le Pinson des arbres (Lawson et al. 2018). Apparue récemment en France (Gourlay et al. 2011), elle a donné lieu à des mortalités anormales localisées (Chavatte et al. 2019, ONCFS et al. 2019). Au Royaume-Uni, ce pathogène a contribué au déclin récent des populations de verdier (Robinson et al. 2010, Lawson et al. 2018). De fait, les régions françaises où des mortalités anormales de verdiers ont été signalées en 2018 et 2019, avec des cas avérés de trichomonose (Hauts de France, Normandie, Bretagne), correspondent aux régions où viennent hiverner des verdiers anglo-saxons.

Répartition hivernale (déc. à févr.) en France des verdiers d’Europe bagués en période de reproduction (avr. à juin) au Royaume-Uni (Dehorter & CRBPO 2019)

• la variole (poxvirose) aviaire, révélée chez la mésange charbonnière (cf. rapport sur l’étude menée par CVFSE/ONIRIS et CRBPO en 2015, ou le post sur le blog CRBPO).

Références

• British Trust for Ornithology. 2026. Seasonal advice for feeding garden birds – frequently-asked questions. 
  Chavatte J-M, Giraud P, Esperet D, Place G, Cavalier F, Landau I. 2019. An outbreak of trichomonosis in European greenfinches Chloris chloris and European goldfinches Carduelis carduelis wintering in Northern France. Parasite, 26, 21. Voir le post sur le Blog CRBPO.
• Dehorter & CRBPO (2019). Base de données de baguage et déplacements d’oiseaux de France. Centre de Recherches sur la Biologie des Populations d’Oiseaux, Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris, France. Consultée le 09/12/2019. 
  
• Garden Bird Health Initiative. 2005. Feeding Garden Birds : Best Practice Guidelines, Universities Federation for Animal Welfare, 42 p. 
• Gourlay P, Décors A, Jouet D, Treilles D, Lemberger K, Faure E, Moinet M, Chi J, Tyler K, Cunningham A, Lawson B. 2011. Finch trichomonosis spreads to France. European Section of the Wildlife Disease Association Bulletin, 2, 9-10.
• Lawson, B., R. A. Robinson, M. P. Toms, K. Risely, S. MacDonald, and A. A. Cunningham. 2018. Health hazards to wild birds and risk factors associated with anthropogenic food provisioning. Philosophical Transactions of the Royal Society B : Biological Sciences 373 : 20170091.
• ONCFS, Muséum, CVFSE/ONIRIS, ADILVA. 2019. Risques et recommandations sanitaires associés au nourrissage des oiseaux des jardins. Communiqué de presse du 25/11/2019.
• Plummer, K. E., K. Risely, M. P. Toms, and G. M. Siriwardena. 2019. The composition of British bird communities is associated with long-term garden bird feeding. Nature Communications 10:2088.
• Robinson, R. A., B. Lawson, M. P. Toms, K. M. Peck, J. K. Kirkwood, J. Chantrey, I. R. Clatworthy, A. D. Evans, L. A. Hughes, O. C. Hutchinson, S. K. John, T. W. Pennycott, M. W. Perkins, P. S. Rowley, V. R. Simpson, K. M. Tyler, and A. A. Cunningham. 2010. Emerging infectious disease leads to rapid population declines of common British birds. PLOS ONE 5 : e12215.

Rédacteur: Pierre-Yves Henry

Épidémie de trichomonose au sein des populations de fringillidés hivernant dans le Boulonnais

Verdier d'Europe atteint de trichomonose (Photo: F. Cavalier)

Au cours du Suivi des Populations d'Oiseaux Locaux aux Mangeoires, les bagueurs du CRBPO suivant les populations d’oiseaux hivernantes dans le Nord-Pas-de-Calais ont contribué, en collaboration avec les Laboratoires Départementaux d’Analyses et le Muséum National d’Histoire Naturelle, à étudier l'émergence de la trichomonase des fringillidés en France. La trichomonase aviaire est une maladie parasitaire causée par le protozoaire Trichomonas gallinae. Communément appelée chancre, cette maladie est largement répandue au sein des populations de columbidés et de rapaces. Suite à un premier évènement épidémique en Grande-Bretagne en 2005, cette maladie est devenue émergente au sein des populations de fringillidés et se propage à travers l’Europe en lien avec les mouvements migratoires des oiseaux. Causée par une souche unique de T. gallinae, la trichomonase des fringillidés apparait comme un facteur prépondérant, responsable du déclin des populations de verdiers d’Europe et de pinsons des arbres au Royaume-Unis (Robinson et al. 2010, Lawson et al. 2018) et en Finlande. En France, la maladie a été suspectée dès 2007 et confirmée en 2011 (Gourlay et al. 2011), sur la base des données et carcasses collectées par les bagueurs. Chavatte et al. (2019) viennent de publier une étude qui décrit l’épidémie qui a affecté les populations de verdiers d’Europe et de chardonnerets élégants hivernant dans le Boulonnais en début 2017. Ils identifient T. gallinae comme l’agent pathogène responsable de cette épidémie et confirment au niveau génétique que la souche parasitaire est identique celle à responsable des épidémies observées au Royaume-Unis et en Europe. Cette étude fournit des données préliminaires sur la dispersion et la survie des individus atteints,; et fait un point sur la maladie en France notamment concernant les événements antérieurs et sa surveillance. Enfin, cette étude insiste sur le rôle probable joué par les pratiques anthropiques tel que le nourrissage sur l’accélération de la transmission de la maladie.

Voir les compléments d'information ultérieurs dans le post dédié aux 'Recommandations d'hygiène pour le nourrissage des oiseaux des jardins'.

Références:

Chavatte J-M, Giraud P, Esperet D, Place G, Cavalier F, Landau I. 2019. An outbreak of trichomonosis in European greenfinches Chloris chloris and European goldfinches Carduelis carduelis wintering in Northern France. Parasite, 26, 21.

Une vidéo accompagne cet article, illustrant un des signes cliniques de la maladie sur un verdier d’Europe (vidéo réalisée lors d'une session d'étude des oiseaux hivernants, et juste avant que l'oiseau ne soit relâché): https://www.parasite-journal.org/articles/parasite/olm/2019/01/parasite180155/parasite180155.html ou ici https://twitter.com/i/status/1115171169131352066.

Gourlay P, Décors A, Jouet D, Treilles D, Lemberger K, Faure E, Moinet M, Chi J, Tyler K, Cunningham A, Lawson B. 2011. Finch trichomonosis spreads to France. European Section of the Wildlife Disease Association Bulletin, 2, 9-10

Lawson, B., R. A. Robinson, M. P. Toms, K. Risely, S. MacDonald, and A. A. Cunningham. 2018. Health hazards to wild birds and risk factors associated with anthropogenic food provisioning. Philosophical Transactions ofthe Royal Society B: Biological Sciences 373: 20170091.

Robinson, R. A., B. Lawson, M. P. Toms, K. M. Peck, J. K. Kirkwood, J. Chantrey, I. R. Clatworthy, A. D. Evans, L. A. Hughes, O. C. Hutchinson, S. K. John, T. W. Pennycott, M. W. Perkins, P. S. Rowley, V. R. Simpson, K. M. Tyler, and A. A. Cunningham. 2010. Emerging Infectious Disease Leads to Rapid Population Declines of Common British Birds. PLOS ONE 5: e12215.

Rédacteur: Jean-Marc Chavatte