Jeunes corneilles noires du Jardin des Plantes: biométrie et ADN révèlent une majorité de femelles

Corneille noire 083 'entretenant' une pelouse.

La corneille noire (Corvus corone) est un corvidé très commun en Europe qui affectionne les milieux agricoles, mais également les zones urbaines et périurbaines. Elle s’est bien adaptée aux villes, où elle trouve de la nourriture en quantité. En effet, cet oiseau omnivore et opportuniste s’accommode parfaitement des aliments présents dans les poubelles et bénéficie des restes de pique-niques dans les parcs.

Depuis une trentaine d’années, le nombre de corneilles noires a augmenté dans Paris, de manière concomitante à la modification de gestion des poubelles publiques suite à plusieurs séries d’attentats dans la capitale. Il a été suggéré que les corneilles trouvaient dès lors un accès plus aisé aux restes de nourriture jetés dans ces poubelles, devenues de simples sacs en plastique transparent. Ces corvidés se rassemblent parfois en grands groupes dans les parcs urbains, pouvant compter jusqu’à plusieurs centaines d’individus. Il s’agit majoritairement de rassemblements d’immatures, pouvant alors causer des nuisances plus visibles par exemple vider les poubelles, arracher les parterres de fleurs ou les pelouses, à la recherche de vers ou de larves d’insectes. C’est pourquoi, depuis juillet 2015, et sous l’impulsion de la Mairie de paris, un programme de capture et de marquage de corneilles a été mis en place par Frédéric Jiguet (Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, programme personnel n°883) sur les sites du Jardin des Plantes et du Jardin des Tuileries (Paris; voir post précédent). Chaque oiseau est marqué avec deux bagues de couleur identiques portant un code individuel gravé, qui permet à des observateurs d’identifier les oiseaux et de signaler leurs observations sur une plateforme internet dédiée (www.corneilles-paris.fr). Plus de 560 individus ont été bagués en 4 ans, qui ont donné lieu à plus de 10000 observations visuelles par presque 100 observateurs différents. Le but de ce programme est d’étudier les déplacements et la survie des corneilles capturées à Paris, afin de comprendre pourquoi les mesures de régulation locales ne sont pas efficaces, et de trouver des méthodes pour limiter les nuisances. C'est l'objet de la thèse de doctorat de Perrine Lequitte-Charransol (CESCO): 'Cohabiter avec les corneilles : nuisances et adaptations' (financée par la Région Ile-de-France, 2020-2023).

La corneille noire ne présente pas de dimorphisme sexuel. Or, le sexe est une variable importante à prendre en compte pour étudier la dispersion d’une espèce. C’est pourquoi, les individus capturés de 2016 à 2021 ont été mesurés (longueur et hauteur du bec, longueur de l’aile pliée et longueur du tarse), pour constituer une base de données morphométriques. Des plumes ont été prélevées pour réaliser une extraction d’ADN servant à déterminer le sexe des oiseaux. Le résultat du sexage moléculaire a été croisé avec ces données morphométriques afin de trouver une combinaison de variables permettant de prédire le sexe des corneilles. La fonction trouvée a permis de prédire le sexe de 105 corneilles de première année, capturées de 2016 à 2021, avec 88% de réussite. Cette fonction, appliquée à 542 corneilles de première année capturées pendant la même période, a montré les femelles étaient plus nombreuses que les mâles parmi les corneilles capturées au jardin des plantes. Ceci pourrait indiquer que les corneilles femelles sont plus nombreuses que les mâles au Jardin des Plantes... ou qu’elles sont plus susceptibles d’entrer dans la cage de capture !

Pour en savoir plus, lisez l'article:

Lequitte-Charransol, P., Saux, E., & Jiguet, F. (2022). Sexing first-calendar-year Carrion Crows Corvus corone from biometrics reveals variation between years in post-fledging sex ratio. Ringing & Migration, 1–9. DOI: 10.1080/03078698.2022.2098369

Rédaction: Perrine Lequitte-Charransol

Atlas de la migration des oiseaux en Europe-Afrique en ligne !

Migration des hirondelles rustiques de 2 régions

Un siècle de baguage d'oiseaux, complété par l'avènement des suivis télémétriques au cours XXIème siècle, ont assemblé des millions de données documentant les voies de migration et les aires d'hivernage des oiseaux au travers l'Europe et l'Afrique. Mais jusque là, cette information n'était pas facilement accessible, dispersée entre de multiples bases, et seulement partiellement consultable. 

Depuis 2018, EURING (le consortium des centrales européennes de baguage) travaille à son plus ambitieux projet de valorisation de ces données: produire un atlas de la migration, numérique, interactif, accessible en ligne pour tous gratuitement, et dynamique (les futurs données seront ajoutées annuellement). 300 espèces migratrices se reproduisant en Europe font l'objet d'une monographie, actualisant les connaissances sur leurs migrations en intégrant toutes les données de capture-recapture/reprise/réobservation archivées dans la banque de données d’EURING (4260211 données de mouvement en février 2018), et complétée des données de télémétrie collectées via Movebank (pour 100 espèces, avec autorisation des auteurs des données; cette plateforme est l’interface officielle d’archivage national des données de télémétrie). Cet atlas intègre donc les données historiques de baguage, offrant une très large couverture taxonomique (majorité des espèces migratrices), temporelle (siècle) et spatiale (inter-continentale), avec les parcours migratoires extrêmement détaillés que seuls les suivis par GPS ou balises satellitaires peuvent documenter. Cette intégration des méthodes complémentaires d'étude de la migration est un des accomplissements original de l'atlas.

Cet Atlas de la migration des oiseaux Europe-Afrique (Eurasian African Bird Migration Atlas) est donc l'outil historiquement attendu par tous pour explorer et caractériser les voies de migration et aire d'hivernage des oiseaux sur notre continent, en connexion avec les continents voisins. Les explorations interactives peuvent se faire par:

• espèce, 
• régions d'Europe (la France est répartie entre la région West et South-West), 
• périodes (avant 1961, 1961-1990, après 1990), saisons et mois,
  
• sexe et catégorie d'âge, 
• principales causes de reprise (mortalité).

En complément, quatre modules analytiques traitent d'enjeux transversaux sur la connaissance des migrations et l'influence des activités humaines:

1) changements historiques (1900-présent) des patrons de migration,

2) prélèvements intentionnels d'oiseaux migrateurs par les humains,

3) dates de migration prénuptiale pour 57 espèces de l’annexe II de la Directive Oiseaux de l’Union Européenne, 

4) connectivités migratoires entre aires de reproduction et d’hivernage.

La production de cet atlas repose sur les données fournies par des milliers d’ornithologues bénévoles et professionnels, et de l’ensemble des publics informant les centrales de baguage de la découverte d’oiseaux bagués. Le travail de conception, analyse et rédaction a été fourni par un groupe d'une 20aine de chercheurs (dont Frédéric Jiguet, CRBPO/Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, qui a rédigé un quart des monographies), et coordonné par Stephen R. Baillie (British Trust for Ornithology, Grande-Bretagne), Fernando Spina (Istituto Superiore per la Protezione e la Ricerca Ambientale, Italie), Franz Bairlein (Institute of Avian Research, Allemagne) et Kasper Thorup (Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Danemark). Le financement qui a permis ce travail d'une ampleur inégalée dans le Monde sur les migrations a été fourni par le Ministère de la Transition Ecologique du Gouvernement Italien, via le programme Migratory Species Champion Programme de la Convention sur les Espèces Migratrices (Convention de Bonn, Nations-Unies), 

Pour consulter cet Atlas, rendez-vous sur: 

https://migrationatlas.org/

 

Pour une présentation plus développée de l'atlas (en anglais), consultez :  

https://migrationatlas.org/about

 

Bonnes explorations d'un siècle de recherche sur les migrations d'oiseaux en Europe !

Si vous souhaitez accéder aux données de baguage présentées dans l'atlas, il faut en faire la demande auprès de l'EURING Data Bank (EDB). Pour rappel, pour la France, le CRBPO ne transmet à EDB que les données de contrôles 'publiques' collectées à plus de 10 km du lieu de marquage, ainsi que toutes les données de reprise (oiseaux bagués trouvés morts; cf. art. 30-31 du règlement intérieur du CRBPO). Pour l'accès aux données de télémétrie, il se fait via Movebank, en contactant les responsables des études concernées.

 

Migration de la tourterelle des bois documentée par le baguage et la télémétrie

Pour une ressource similaire dédiée aux migrations d'oiseaux sur le continent américain, consultez le Bird Migration Explorer, diffusé par la National Audubon Society (avec un tutoriel Youtube pour utiliser cette application).

Rédaction : Pierre-Yves Henry

Migration postnuptiale des passereaux – Que se passe-t-il dans les terres ?

Durée de séjour et engraissement par stratégie migratoire

En 2017, quelques ornithologues motivés ont lancé un suivi de la migration postnuptiale des oiseaux sur la commune de Sainte-Soline en Deux-Sèvres, au lieu-dit la Trimouille. Dans le but de pérenniser ce suivi, l’Association SYLATR a été créé l’année suivant. Durant quatre ans, le protocole 'SEJOUR' du Programme National de Recherches Ornithologiques a été appliqué en augmentant la durée d’années en années. Après quatre ans, un premier bilan a été effectué dans le cadre d’une collaboration avec le Département d’Ecologie, Physiologie et Ethologie (Strasbourg) pour le projet Migrouille (MIGRation à la TrimOUILLE).

En utilisant les données morphologiques des oiseaux séjournant sur le site ainsi que les taux de contrôle des huit espèces ciblées, les analyses mettent en relief des divergences de comportement entre espèces. Publiés dans le journal Alauda en 2021, ces résultats montrent que les oiseaux n’ont pas la même utilisation de la halte migratoire selon leur stratégie de migration. En effet, les migrateurs transsahariens s’arrêtant en Deux-Sèvres semblent profiter d’une halte de quelques jours pour s’alimenter et reprendre des forces alors que les migrateurs partiels ne se montrent que très peu actifs sur le site. Malgré un protocole de capture qui a évolué tous les ans, les résultats obtenus ont permis d’apporter de nouvelles pistes de réflexion concernant le suivi de la migration et la gestion du site.

Depuis 2021, le protocole de capture a donc été standardisé de manière pérenne, combinant dans le temps les protocoles Phéno et Séjour avec des filets identifiés et de nouvelles expérimentations ont débuté dans le cadre du projet Migrouille (suivi de la structure de la végétation, disponibilité alimentaire, relation entre morphologie et stratégie de migration chez la fauvette à tête noire).

Pour en savoir plus, lisez l’article :

Lemonnier G., Debenest E. & De Bouët Du Portal P. 2021. Comprendre le rôle écologiqued’une halte migratoire isolée dans les terres intérieures françaises. Alauda89(4) : 271-282.

Pour ceux qui souhaitent avoir plus d’informations sur les différents projets de l’association :

https://www.association-sylatr.fr/ 

Rédacteur: Gildas Lemonnier

Nouvelle thèse : La reproduction des passereaux est-elle plus ou moins plastique selon l’environnement ?

Paul CUCHOT

Sous quelles conditions les changements hors normes de l’environnement (p. ex. vague de chaleur, urbanisation) limitent-ils les capacités d’ajustement des oiseaux ? Plus il fait chaud, plus les mésanges se reproduisent tôt (Charmantier et al. 2008, Potti 2009)... mais dans quelles limites ? Cette plasticité de la phénologie de reproduction est l'un des principaux mécanismes par lesquels les organismes s’adaptent aux changements climatiques. Théoriquement, il est certain qu’il y a des limites à cette capacité des oiseaux à s’adapter aux conditions du moment (DeWitt et al. 1998). Mais nous savons encore peu de choses sur ces limites.

Le projet Mommy Knows Best ('Maman gère'), porte sur l’identification  de ces limites de la capacité d’ajustement des oiseaux aux changements de leur environnement en période de reproduction (cf. présentation vidéo du projet). Les espèces modèles retenues pour le projet sont les mésanges bleues (Cyanistes caeruleus) et charbonnières (Parus major), car nous connaissons déjà bien la plasticité de leurs périodes de ponte. Paul Cuchot a rejoint le projet en novembre 2021, dans le cadre duquel il réalise sa thèse de doctorat intitulée ‘Etude de la plasticité phénologique dans les environnements nouveaux : cas de la phénologie chez les passereaux’. Sa recherche va se focaliser sur deux hypothèses de limitation des ajustements de date de reproduction imposées par des contraintes environnementales nouvelles (à l’échelle des temps évolutifs):  (i) les évènements climatiques hors normes (tels, que les récents printemps exceptionnellement chauds), et (ii) la vie dans des environnements complètement nouveaux : les environnements anthropisés.

Pour répondre à ces questions, Paul travaille à l’établissement d’une méthode de mesure de la plasticité de la phénologie de reproduction, et de ses variations à large échelle spatiale (au sein de la France, voire de l’Europe). Pour cela, il utilise les données du Suivi Temporel des Oiseaux Communs par Capture, qui est le suivi standardisé national des passereaux communs en période de reproduction. Ces données contiennent l’information sur la phénologie de la reproduction et du succès de reproduction que nous extrairons grâce à l’évolution au cours du printemps (de début mai à mi-juillet) de la proportion de jeunes de l’année parmi les oiseaux capturés (figure 1, méthode inspirée de Moussus et al. 2011). Cette évolution peut être résumée par un modèle statistique supposant que, en début de saison, il n’y a que des adultes. Puis les jeunes apparaissent au fur et à mesure qu’ils s’envolent des nids, atteignant un pic d’envol à la date correspondant au point d’inflexion de la courbe. Puis en début d’été, la proportion de jeunes parmi les oiseaux capturés se stabilise à une valeur maximale (asymptote), indicatrice de la productivité annuelle. L’envol des jeunes est plus ou moins synchrone entre individus et sites, ce qui est mesuré par la ‘vitesse d’apparition des jeunes’ (pente).

Figure 1 : Evolution de la proportion de jeunes parmi les oiseaux capturés au cours du printemps. Le paramètre « Asympote » correspond au succès de reproduction, le paramètre « Date » correspond à la date du pic d’envol des jeunes et le paramètre « Pente » correspond à la synchronie d’envol des jeunes entre nichées et entre populations.

Cette méthode de mesure de la phénologie permettra de quantifier la dépendance de la phénologie d’envol des jeunes de mésange bleue à la température printanière (mesure de la plasticité), et surtout de tester nos hypothèses sur les limites de cette plasticité : y a-t-il une température au-dessus de laquelle les mésanges ne parviennent plus à s’ajuster ? Cette température limite dépend-elle du degré de perturbation de l’habitat (artificialisation, éloignement de l’habitat forestier) ? Ces questions seront posées à l’échelle française, avec les données du STOC Capture, et à l’échelle européenne avec les données du programme équivalent coordonné par EURING (EuroCES).

A partir du STOC Capture, Moussus et al. (2011) ont révélé que les espèces de passereaux passant l’hiver en Afrique tropicale (migration à longue distance) et celles les plus spécialisées (écologiquement, voire cognitivement) sont les moins flexibles : elles se reproduisent à des dates proches d’une année sur l’autre. A l’inverse, les résidents et les espèces généralistes parviennent mieux à ajuster leur phénologie à la température printanière. Dans un second temps de la thèse, Paul envisage de compléter ces résultats en appliquant la méthode présentée aux données européennes EuroCES, afin d’accroitre la portée taxonomique (nombre d’espèces) et biogéographique (régions climatiques, position au sein des aires de distribution) des connaissances disponibles sur les déterminants de la plasticité phénologique.

Le projet ‘Mommy Knows Best’ est porté par Céline Teplitsky, chercheuse en écologie évolutive, membre l'équipe 'Mésanges' du Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), et financé par la Fondation BNP Paribas. Ce projet repose sur un consortium international de 15 chercheurs. Paul Cuchot sera supervisé par Céline Teplitsky et Pierre-Yves Henry, responsable du STOC Capture (CRBPO-MECADEV).

Références citées: 

Charmantier, A., McCleery, R. H., Cole, L. R., Perrins, C., Kruuk, L. E. B., & Sheldon, B. C. (2008).    Adaptive phenotypic plasticity in response to climate change in a wild bird population. Science, 320(5877), 800–803.

DeWitt, T. J., Sih, A., & Wilson, D. S. (1998). Costs and limits of phenotypic plasticity. Trends in Ecology & Evolution, 13(2), 77–81.

Moussus, J. P., Clavel, J., Jiguet, F., & Julliard, R. (2011). Which are the phenologically flexible species? A case study with common passerine birds. Oikos, 120(7), 991-998.

Potti, J. (2009). Advanced breeding dates in relation to recent climate warming in a Mediterranean montane population of Blue Tits Cyanistes caeruleus. Journal of Ornithology, 150(4), 893-901.

Rédacteur : Paul Cuchot