mercredi 12 juin 2019

L'interface d'exploration des données de baguage mise à jour: CRBPOData v2.0 est en ligne

Depuis 2017, tout le monde peut explorer les données de baguage et de mouvements d’oiseaux concernant la France grâce à l’interface dédiée ‘CRBPOData’: https://crbpodata.mnhn.fr/
Une version 2.0 vient d’être mise en ligne, grâce au soutien de la Direction des Systèmes d'Information du Muséum. Cette version tient compte des suggestions d’amélioration qui vous nous avez transmises. Les nouveautés majeures sont :
  • La possibilité de faire des recherches sur plusieurs espèces et/ou sur plusieurs aires géographiques simultanément.
  • La possibilité de sélectionner des mois de l’année de manière exclusive. Cela permet de n’avoir à l’affichage, par exemple, que les données du printemps et de l'hiver, et ainsi de révéler les trajectoires reliant des aires de reproduction à des aires d’hivernages. De la même façon, cela permet d’explorer les changements d’aires d’hivernage (en ne faisant afficher que les données collectées en hiver ; cf. figure).
  • Sur les cartes avec trajectoires, il est possible d’obtenir des informations détaillées en cliquant sur la trajectoire avec la souris (cf. figure). Vous visualisez alors les points de marquage et de contrôle / reprise. En cliquant sur chacun d’eux, vous avez alors la date, le sexe et l’âge de l’oiseau qui s’affichent (et l’espèce, si vous avez fait une recherche sur plusieurs espèces). Par contre, ces détails ne s’affichent que si il y a moins de 1000 trajectoires retournées par la requête.
Mouvements entre aires d'hivernage (Déc.-Févr.) pour le Sizerin flammé
Pour plus de détails sur les fonctionnalités de CRBPOData, consultez le précédent post sur le blog et/ou l’article dédié sur le site du CRBPO.

N’hésitez pas à diffuser largement dans vos réseaux !

Ce site ne pourrait exister sans le travail de milliers de bagueurs français (bénévoles comme professionnels), sans l'implication des ornithologues et sans la participation des particuliers qui communiquent plusieurs milliers d'observations ou de reprises d'oiseaux bagués chaque année.
Un immense merci à tous !

Bonnes explorations de données.

Rédacteurs: Olivier Dehorter et Pierre-Yves Henry


mercredi 15 mai 2019

Manuel de Conservation du Phragmite aquatique


Projet démarré il y a presque de 10 ans, le manuel de conservation du Phragmite aquatique (Aquatic Warbler Conservation Handbook) a vu le jour courant 2018. Cet ouvrage couvre de très nombreux domaines, allant des dernières informations sur la biologie de l'espèce, son habitat et les différentes phases de son cycle biologique, en passant par les menaces, la recherche, la communication et les outils pour financer les projets.
Les données sur la migration en France provenant du travaildes bagueurs du CRBPO dans le cadre du thème ACROLA sont intégrées dans le chapitre 2.9 "Migration", en collaboration avec les partenaires espagnoles et belge.
L'ouvrage est disponible gratuitement au téléchargement sur la page du programme LIFE qui a permis l'aboutissement du projet (LIFE Schreiadler) ou sur la page présentant le Plan National d'Actions en faveur de l'espèce en France, hébergé par Bretagne Vivante. 

Table des matières:





































Rédaction: Christine Blaize

lundi 6 mai 2019

Épidémie de trichomonose au sein des populations de fringillidés hivernant dans le Boulonnais


Verdier d'Europe atteint de trichomonose (Photo: F. Cavalier)
Au cours du Suivi des Populations d'Oiseaux Locaux aux Mangeoires, les bagueurs du CRBPO suivant les populations d’oiseaux hivernantes dans le Nord-Pas-de-Calais ont contribué, en collaboration avec les Laboratoires Départementaux d’Analyses et le Muséum National d’Histoire Naturelle, à étudier l'émergence de la trichomonase des fringillidés en France. La trichomonase aviaire est une maladie parasitaire causée par le protozoaire Trichomonas gallinae. Communément appelée chancre, cette maladie est largement répandue au sein des populations de columbidés et de rapaces. Suite à un premier évènement épidémique en Grande-Bretagne en 2005, cette maladie est devenue émergente au sein des populations de fringillidés et se propage à travers l’Europe en lien avec les mouvements migratoires des oiseaux. Causée par une souche unique de T. gallinae, la trichomonase des fringillidés apparait comme un facteur prépondérant, responsable du déclin des populations de verdiers d’Europe et de pinsons des arbres au Royaume-Unis (Robinson et al. 2010, Lawson et al. 2018) et en Finlande. En France, la maladie a été suspectée dès 2007 et confirmée en 2011 (Gourlay et al. 2011), sur la base des données et carcasses collectées par les bagueurs. Chavatte et al. (2019) viennent de publier une étude qui décrit l’épidémie qui a affecté les populations de verdiers d’Europe et de chardonnerets élégants hivernant dans le Boulonnais en début 2017. Ils identifient T. gallinae comme l’agent pathogène responsable de cette épidémie et confirment au niveau génétique que la souche parasitaire est identique celle à responsable des épidémies observées au Royaume-Unis et en Europe. Cette étude fournit des données préliminaires sur la dispersion et la survie des individus atteints,; et fait un point sur la maladie en France notamment concernant les événements antérieurs et sa surveillance. Enfin, cette étude insiste sur le rôle probable joué par les pratiques anthropiques tel que le nourrissage sur l’accélération de la transmission de la maladie.

Références:

Une vidéo accompagne cet article, illustrant un des signes cliniques de la maladie sur un verdier d’Europe (vidéo réalisée lors d'une session d'étude des oiseaux hivernants, et juste avant que l'oiseau ne soit relâché): https://www.parasite-journal.org/articles/parasite/olm/2019/01/parasite180155/parasite180155.html ou ici https://twitter.com/i/status/1115171169131352066.

Gourlay P, Décors A, Jouet D, Treilles D, Lemberger K, Faure E, Moinet M, Chi J, Tyler K, Cunningham A, Lawson B. 2011. Finch trichomonosis spreads to France. European Section of the Wildlife Disease Association Bulletin, 2, 9-10

Lawson, B., R. A. Robinson, M. P. Toms, K. Risely, S. MacDonald, and A. A. Cunningham. 2018. Health hazards to wild birds and risk factors associated with anthropogenic food provisioning. Philosophical Transactions ofthe Royal Society B: Biological Sciences 373: 20170091.

Robinson, R. A., B. Lawson, M. P. Toms, K. M. Peck, J. K. Kirkwood, J. Chantrey, I. R. Clatworthy, A. D. Evans, L. A. Hughes, O. C. Hutchinson, S. K. John, T. W. Pennycott, M. W. Perkins, P. S. Rowley, V. R. Simpson, K. M. Tyler, and A. A. Cunningham. 2010. Emerging Infectious Disease Leads to Rapid Population Declines of Common British Birds. PLOS ONE 5: e12215.

Rédacteur: Jean-Marc Chavatte

vendredi 15 mars 2019

Nouvelles de l'atlas de la migration des oiseaux à échelle continentale


Localisations des baguage de Grives musiciennes (EDB)

En septembre 2018 a commencé le développement de l’Atlas de la Migration des oiseaux en Europe-Afrique, porté par EURING (le consortium des centrales européennes de baguage), introduit ici-même en août 2017. Cet atlas est la 1ère composante de l’Atlas global sur les migrations animales de la Convention surles Espèces Migratrices (Convention de Bonn, Nations-Unies)
Le but de cet atlas est de fournir une synthèse à jour sur la migration et les mouvements d’oiseaux qui se reproduisent ou hivernent en Europe. La banque de données d’EURING sur les données de capture-recapture / reprises d’oiseaux bagués sera la principale source d’information (4260211 données de mouvement en février 2018). Depuis les années 2000, le déploiement de marques électroniques permettant la localisation à distance a apporté une masse important d’information complémentaire, documentant les trajets précis suivis par les oiseaux. Movebank propose un service gratuit d’archivage et diffusion en ligne de ces données (1 milliard de localisations actuellement). Pour les programmes autorisés par le CRBPO, Movebank est l’interface officielle d’archivage national des données de télémétrie. Les données dans Movebank seront donc également intégrées dans l’atlas Europe-Afrique (après accord des auteurs concernés).
Au moins 300 espèces seront analysées et présentées individuellement, par des monographies dédiées. La rédaction d’un quart de ces monographies a été confiée à Frédéric Jiguet (CRBPO/CESCO). Ces monographies restitueront la connaissance disponible sous forme de cartes et de tableaux, complétés d’un texte. En supplément, le lecteur aura accès à une série de statistiques et des rapports dynamiques en fonction de questions spécifiques à sélectionner. L’ambition est que cet atlas soit dynamique, étant mis à jour régulièrement avec les nouvelles données collectées.
Les produits de l’atlas ont vocation à être utiles et accessibles pour une large gamme de de praticiens de la conservation. Quatre modules spécifiques de recherche appliquée sont prévus : 1) la détermination des dates de migration pour les 82 espèces de l’annexe II de la Directive Oiseaux de l’UE, 2) l’analyse des mortalités d’origine anthropique, avec une emphase sur les prélèvements illégaux, 3) l’analyse des connectivités entre aires de reproduction et d’hivernage, et 4) les changements de patrons de migration au cours des décennies passées.

Ce projet d’atlas est rendu possible grâce à l’effort de baguage massif, depuis un siècle, de milliers d’ornithologues bénévoles et professionnels, et de l’ensemble des publics informant les centrales de baguage de la découverte d’oiseaux bagués. Le projet est financé par le Gouvernement Italien, via le programme Migratory Species Champion Programme. La composition du comité de pilotage de cet atlas est disponible sur le site d'EURING.

Pour une présentation plus développée (en anglais), consulter :
Baillie, S. R., F. Bairlein, W. Fiedler, F. Spina, and K. Thorup. 2018. A continental-scale Migration Atlas. Life Cycle 18: 18–19.

Pour suivre l’évolution du projet, consultez la page dédiée sur le site d’EURING.

Rédacteur : Pierre-Yves Henry (adapté de Baillie et al. 2018)

jeudi 14 mars 2019

Quelle règlementation encadre le suivi des nids d'oiseaux sauvages ?

Contrôle d'un nichoir
Accéder aux nids d'oiseaux pour étudier leur reproduction est perturbant pour les oiseaux. Et lorsque cela implique de manipuler les œufs pour les compter, ou les poussins pour les mesurer, il y a des risques supplémentaires. Cette activité scientifique est donc encadrée règlementairement.

Nous avons clarifié les obligations règlementaires à satisfaire en fonction de la possession, ou non, d'un permis de capture d'oiseaux à fins scientifiques délivré par le CRBPO.

Vous trouverez ces clarifications dans l'article dédié sur le site du CRBPO:

https://crbpo.mnhn.fr/spip.php?article712

Rédacteur: Pierre-Yves Henry


vendredi 8 mars 2019

Dernières reprise remarquables

Sélection de quelques contrôles/reprises remarquables arrivés au CRBPO entre les mois de Janvier 2019 et Février 2019

Reprise d'une Foulque macroule norvégienne baguée femelle adulte en Avril 2016 dans le sud de ce pays et tuée à la chasse en Janvier 2017 à Loon-Plage (59). Première donnée française pour un individu  originaire de ce pays (mais il existe de nombreuses reprises de foulques en provenance des pays bordant la mer Baltique).

Lecture sur photos de la bague métallique d'un Hibou des marais norvégien au Hables d'Hault (80) en Février 2019, oiseau marqué en Septembre 2018 près de Trisyl. Plus sympa qu'un cadavre sur la route ! Voir les photos de l'oiseau sur le Flickr de Thierry Laurent ici : https://www.flickr.com/photos/146223995@N08/46853595911/in/album-72157692036890472/


Nouveau contrôle de Pygargue à queue blanche, la première donnée pour l'ouest du pays : lecture sur photos de la bague couleur  d'un 1er Hiver le 11/02/2019 à l'étang de Chevigné/St Georges sur Loire (49), jeune femelle baguée comme poussin le 15/05/2018 dans l'Est de l'Allemagne.

Reprise (électrocution) le 28/10/2018 au Portugal d'un jeune Aigle de Bonelli français née au printemps 2018 dans les Bouches du Rhône. Les échanges avec l'Espagne sont bien documentés mais  il s'agit d'une première aussi loin au sud de la péninsule ibérique.

Remarquable contrôle d'une Mouette tridactyle bretonne sur l'île de Newfoundland sur la côte Est du Canada (proche St Pierre et Miquelon). 1er Été photographié avec ses bagues couleurs en Août 2018 née le printemps précédent au sein de la colonie de la pointe du Raz (29) à environs 3000 km. Une première pour le continent Américain même s'il existe plusieurs reprises au Groenland depuis le début de ce suivi (environs 40 ans ).
Lien vers le blog du découvreur


Contrôle en Novembre 2018 (recapture par un bagueur) en Allemagne proche frontière d'un Moineau friquet bagué et équipé de bagues couleurs dans le cadre du suivi par marquage d'une colonie dans un village de Moselle distant d'une soixantaine de km. Individu bagué en Janvier 2018, observé jusqu'en Avril 2018 puis à nouveau vu en décembre dernier sur le site Mosellan. 
Juvénile Vielle-Tursan (40) septembre 2015
Même s'il est connue qu'une partie des friquets du Benelux sont migrateurs et atteignent la France, il s'agit d'une des seules données récentes et de la première concernant un français contrôlé à l'étranger, en effet, l'espèces ayant disparu de nombreuses régions elle n'est plus chez nous que capturé de façon marginale en dehors de quelques localités. De plus cet oiseau apporte une belle preuve de fidélité à son site d'hivernage. 

Rédacteur: Romain Provost